医院前身：

1951年12月2日，成立万县市第一联合诊所。

原重庆市万州区中医院发展历程：

1981年11月，在原万县市东城、西城联合诊所整合基础上，成立四川省万县市中医院，先后更名为四川省万县市第二中医院、重庆市万州区中医院（重庆市万州区骨科医院）。

原重庆市万州区中西医结合医院发展历程：

1983年10月，在原四川省万县保健院中医科基础上，成立四川省万县中医院，先后更名为四川省万县市第三中医院、重庆市万州区第三中医院、重庆市万州区中西医结合医院。

整合后重庆市万州区中医院发展历程：

2016年12月23日，原重庆市万州区中医院、原重庆市万州区中西医结合医院整合，成为新的重庆市万州区中医院。

2020年7月21日，医院成建制上划市级管理，为市卫生健康委所属事业单位，更名为重庆三峡医药高等专科学校附属中医院。

2021年3月，医院成功创建成国家三级中医医院。